Євгенія Кононенко народилася 17 лютого 1959 року в Києві. В 1981 році закінчила механіко-математичний факультет Київського тоді ще державного університету, протягом кількох років працювала за здобутим фахом. Так звану літературну діяльність розпочала у 1990 році як перекладач з французької, за що у 1993 році отримала премію Французької Амбасади ім. М. Зерова, що присуджувалась тільки один рік. У 1995 році отримала премію Гранослов за рукопис збірки віршів "Вальс першого снігу", видано у 1997 році. Від 1994 року друкує прозові тексти в періодиці. У 1998 видала збірку оповідань "Колосальний сюжет". Окремі оповідання перекладалися і друкувалися англійською, французькою, німецькою, хорватською білоруською мовами. У 2001 році вийшов роман "Імітація".

Крім белетрестичних текстів, іноді пише есеї.

Працює науковим співробітником Українського центру культурних досліджень